ALT存在于人体多种组织器官之中，在机体器官中的含量从高至低依次排序为：肝、肾、心肌、脑、骨骼肌、肺、睾丸及子宫等。当这些组织器官发生病变或损害时，均可引起血清ALT水平不同程度升高。由于肝细胞浆内ALT的含量最高，因此，当肝细胞受损时，ALT升高最为显著。在临床上，当患者血清中ALT升高时，应首先考虑是否存在肝脏疾病。除了甲、乙、丙、丁、戊型肝炎导致ALT升高之外，其他许多致病因素也可引起肝细胞损害。
随着肥胖和糖尿病的高发，非酒精性脂肪性肝病现已成为我国常见的慢性肝病之一，严重危害健康。该病患者可有乏力、消化不良、肝区隐痛、肝脾肿大等非特异性症状及体征，可有体重超重和（或）内脏性肥胖、空腹血糖增高、血脂紊乱、高血压等，血清ALT可有轻至中度增高（小于5倍正常值上限），严重者可发展至肝硬化。
对于脂肪肝的诊断，首先应根据B超或CT等影像学检查结果，并详细询问病史，明确病因。根据实验室检查及肝穿刺活检病理组织学检查，判断是单纯脂肪肝还是脂肪性肝炎，同时应排除其他疾病。
2.酒精性肝病
长期大量饮酒可致酒精性肝病。初期通常表现为脂肪肝，进而可发展成酒精性肝炎、酒精性肝纤维化和酒精性肝硬化，严重酗酒时可诱发广泛肝细胞坏死甚或肝功能衰竭。当患者有长期饮酒史（一般超过5年，折合酒精量男性≥40g/天，女性≥20g/天，或2周内有大量饮酒史，折合酒精量>80g/天），血清ALT升高，腹部B超或CT检查提示脂肪肝者，需考虑酒精性肝病的诊断。在临床上，该病可无症状，或有右上腹胀痛，食欲不振、乏力、体重减轻、黄疸等。随着病情加重，可有神经精神、蜘蛛痣、肝掌等症状和体征。
3.自身免疫性肝病
这是由患者自身免疫系统攻击肝脏引起的炎症和肝细胞坏死，常见的有自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、硬化性胆管炎等。这些疾病多见于女性，呈慢性和进展性，可发展为肝硬化甚至肝癌。在临床上，这些患者除了血清ALT及免疫球蛋白升高之外，血清中还出现自身抗体，如抗核抗体、抗线粒体抗体、抗平滑肌抗体。
4.药物性肝损害
有可能引起肝细胞损伤的药物包括抗痨药物（如异烟肼、利福平等），磺胺类、四环素类、大环内酯类抗菌药物，解热镇痛药（如阿司匹林等）， 抗癌药物，磺脲类降糖药，某些降血脂药物（如他汀类降血脂药），抗甲状腺药物（如他巴唑），某些中药。此类患者在停用损肝药物或应用保肝、降酶药物后，肝功大多可恢复正常。
5.胆道疾患
胆囊炎、胆石症、胆管阻塞及胰腺疾患，也可使ALT升高。
6.内分泌系统疾病
在引起ALT升高的内分泌疾病中，最常见者为甲亢。
7.结缔组织疾病
系统性红斑狼疮可引起包括肝脏在内的全身多系统、器官的损害，成人Still's病等，也可引起肝功能损害。
8.感染性疾病
非嗜肝病毒，如EB病毒、巨细胞病毒感染可引起肝细胞病变，致血清ALT升高。严重的细菌感染，如败血症和伤寒等，可引起肝脏损害。
9.心脏疾病
如急性心肌梗死、心肌炎、感染性心内膜炎等。当发生急性心梗时，冠状动脉血供急剧减少或中断，使相应的心肌严重而持久地急性缺血导致心肌坏死，促使大量的酶自坏死细胞释放入血，引起ALT升高。
10.肌肉疾病
如皮肌炎、多发性肌炎等，可出现皮肤损害、肌肉损害、肌力下降、肌肉萎缩、纤维化以致功能丧失。
11.另外，妊娠、剧烈运动、过度疲劳、失眠等也可引起ALT升高。
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