慢性胰腺炎的发病机制至今尚不明确。西方国家及亚太多数国家普遍认为慢性胰腺炎与嗜酒有关。胆道疾病的长期存在仍为该类疾病发生的主要危险因素。
临床数据显示，胆系疾病发病的病史在慢性胰腺炎中占33.9%。在各种胆道系统疾病中以胆囊结石更为多见，其它依次为，胆管结石、胆囊炎、胆管不明原因狭窄和胆道蛔虫。
胆源性胰腺炎是中国与其他国家的不同之处，但其机制尚不清楚，且胆系疾病是否会导致慢性胰腺炎也存在分歧。其机制可能与炎症感染或结石引起胆总管开口部或胰胆管交界处狭窄与梗阻，胰液流出受阻，胰管压力升高，导致胰腺腺泡、胰腺小导管破裂，损伤胰腺组织与胰管系统。
因此，胆道疾病所致的慢性胰腺炎，病变部位主要在胰头部，胰头部出现明显的增大，发病部位纤维化，引起胰腺钙化少见，但合并阻塞性黄疸的较多见。
目前普遍认为蛋白质分泌过多导致梗阻与坏死的这一说法，即酒精和它的代谢产物直接使胰液中脂质微粒体酶的分泌以及脂肪酶降解增加;并使脂质微粒体酶可以和胰液混合，激活胰蛋白酶原为胰蛋白酶，导致组织损伤。
慢性酒精中毒：数据统计西方国家七到八成的慢性胰腺炎发病与长期酗酒有关，相关实验表明，乙醇摄入量40～80g/d累计达到十年以上，其患上慢性胰腺炎的几率则会大大增加，由此可见，乙醇的摄人量及时间与发病率密切相关。
乙醇间接通过刺激胰液的分泌，增加胰腺对缩胆囊素刺激的敏感性，胰液中胰酶和蛋白质含量增加，钙离子浓度增加，易形成胰管内蛋白沉淀，这些蛋白沉淀又与一些脱落的上皮等杂质形成栓子阻塞小胰管，使胰管胰液流出受阻，胰管内压力增高，导致胰腺腺泡、胰腺小导管破裂，损伤胰腺组织及胰管系统。
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