消化不良患者易患慢性胃肠疾病：很多慢性胃肠疾病的前兆就是消化不良，预示个人消化功能出现问题，甚至存在炎症和幽门螺杆菌感染，如果没有及时治疗，则可能进一步转为慢性胃肠疾病，给后期的治疗增加了难度。如胃窦炎的发生就和消化不良存在着密切的联系，长期消化不良使食物残渣停留在胃窦部的时间延长，长年累月，胃窦部发炎溃烂导致胃窦炎的发生。
消化不良可能会增加癌变几率：如果原来就患上慢性胃肠疾病，那么一方面原发病加重消化不良的症状，另一方面，消化不良的症状预示着慢性胃肠疾病的恶化。比如慢性浅表性胃炎的患者，如果长期消化不良，且近期腹胀明显，食欲不佳，大便异常，那么就要考虑萎缩性胃炎的可能性，甚至不排除癌变的可能。
消化不良导致的贫血：一方面是因为消化不良导致营养不良进而发生贫血，另一方面是由于消化不良加重胃肠蠕动障碍，发生便秘便血。还有一方面是由于消化不良的原发病造成的胃肠慢性出血，如胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等。
消化不良导致的经常性的腹泻：因为肠内正常的平衡被打乱，腹泻就成为了自我保护的机制，通过这种方式把体内的毒素排出，而盲目的服用止泻药往往会造成梗阻。
消化不良会导致便秘：常因进食过多辛辣、油腻、生冷的食物，这些食物堆积在一起就会导致患者出现便秘的问题，便秘又会使毒素堆积，形成新的功能损害，进而危害患者的身体健康。
消化不良性造成患者腹痛：肠胃中堆积的食物过多，肠道蠕动会出现异常，直接导致患者呕吐、腹痛。如出现严重的腹痛则有可能发展为急性肠炎，此时不要擅自服用止痛药物，应及时就医，进行及时的治疗，避免更加严重情况的发生。
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